Название, под которым Хойан узнали европейские мореплаватели, — Файфо (Faifo). С начала XVII века, при князьях дома Нгуен, город пережил настоящий расцвет и стал одним из ключевых портов Юго-Восточной Азии наравне с Макао и Малаккой.
Ключевую роль сыграл правитель Нгуен Фыок Нгуен (правил в 1613—1635 годах): по мнению историков, современный город в его нынешних границах сложился не позднее 1621 года. В 1615 году Нгуен Фыок даровал португальцам право торговать в Хойане и основать поселение в его окрестностях — в благодарность за поставки пушек, которые помогали клану Нгуен в противостоянии с северным кланом Чинь. По необъяснимой для историков причине португальцы этой привилегией так и не воспользовались и покинули Вьетнам; на смену им пришли голландцы, чья торговая контора работала в Хойане с 1636 по 1641 год.
Настоящими завсегдатаями порта в этот период были китайские и японские купцы. Итальянский миссионер Христофоро Борри, живший в Кохинхине в 1618—1621 годах, писал, что именно китайцы и японцы составляли большинство торговцев в регионе. Японские суда с красной печатью (сюинсэн), имевшие разрешение сёгуната на заграничную торговлю, регулярно заходили в Хойан вплоть до того, как Япония в 1630-х годах ввела политику самоизоляции сакоку и торговля резко сократилась.
Из Хойана вывозили высококачественный шёлк, которым славился регион, а также ткани, бумагу, фарфор, чай, сахар, орехи арековой пальмы, перец, лекарственные травы, слоновую кость, воск, перламутр, лаковую посуду, серу и свинец. По свидетельству британского купца Томаса Боуиера, посетившего Хойан в правление тюа Нгуен Фук Тю (1691−1725), в порт ввозили бетель, красное дерево, краски, олово и рис из Сиама. В общей сложности за четыре столетия расцвета с Хойаном торговали суда из Китая, Японии, Голландии, Португалии, Испании, Индии, Филиппин, Индонезии, Таиланда, Франции, Англии и, позднее, США.
Японский мост — символ города
Крытый Японский мост (蓮渡橋), построенный в начале XVII века на средства японской купеческой общины, соединял японский и китайский кварталы города и остаётся эмблемой Хойана до сих пор. В 1719 году, во время визита в город, правитель Нгуен Фук Тю дал мосту официальное имя Лай Виен Кьеу — «Мост гостеприимства». Сегодня изображение моста украшает купюру в 20 000 донгов.
Наряду с мостом важной частью исторической застройки стали китайские ассамблейные храмы (hội quán) — здания, совмещавшие функции храма, общественного дома и места собраний купцов из разных регионов южного Китая. Жилые купеческие дома XVIII—XIX вв.еков, такие как знаменитый дом Фунг Хынг, сочетали в архитектуре вьетнамские, китайские и японские элементы — узкий фасад, вытянутое вглубь квартала строение и внутренние дворики для света и вентиляции